衛生部基層用藥規范系統是在《基層用藥規范》的基礎上，結合基層實際的情況以及《國際疾病字典ICD-10》等通用的技術的要求開發完成的基層用藥規范系統。它能為基層衛生管理職能機構提供規范管理，具有智能化、區域化的操作特點。

基層用藥規范系統可根據癥狀判斷疑似疾病名稱，按病理整理出來不同的處理方案，然后將患者就診及用藥信息同步到健康檔案中，以供查閱。

基層用藥規范系統能根據確診疾病名稱引用規范用藥處方，判斷處方使用是否合格，對處方質量進行統計分析并進行考核。